Ah la question qui tue !
Bien que les deux séries soient dans le milieu médical, elles ne sont pas comparables.
Grey'Anatomy c'est un prime-time soap (sans connotation péjorative) se passant dans un hopital. Parmi tous les soaps se passant à l'hosto, c'est sans conteste le meilleur. Le fait que ça se passe dans un hosto n'en fait pas une série médicale. La médecine donne un pretexte pour les histoires privées et professionnelles des personnages.
House, par contre, est plus du coté de la série médicale, l'intrigue repose entièrement sur l'aspect médical (même l'infirmité de House) permettant l'étude d'un seul personnage qui n'est pas séparable du fait qu'il soit médecin.
Vouloir comparer les deux (donc dire quelle est la meilleure), c'est comparer Melrose Place avec Urgences ou Les Experts avec Stargate, des séries qui n'ont rien à voir entre elles.
Chacune dans leur genre, elles sont actuellement, les meilleures qui sont en production.